ここにある対処法はすべて、該当ツールで再現・検証したものです。
漢字が別の地域の字形で表示される問題など。
同じ Unicode の漢字（直・骨・角・令など）でも、中国語・日本語・韓国語のフォントで字形が異なります。PDF が中国語フォントを使うと日本語が中国語風に見えます。Pandoc・HTML 系ツール・MarkPDF での検証済みの対処法。